如警政署的統計，國內尚有2成以下案件經警察機關核發書面告誡予行為人後，行為人不但未收手，反而不顧告誡仍然持續跟蹤騷擾被害人。此時，被害人即需要得到其他更具有嚇阻力的保護措施。
跟蹤騷擾防制法第5條規定，行為人經警察機關為書面告誡後2年內，再為跟蹤騷擾行為者，被害人得向法院聲請保護令。
不過，如果行為人及被害人彼此是家庭成員，又或者是現在或曾有親密關係的未同居伴侶所為的跟蹤騷擾行為，被害人應依家庭暴力防治法規定聲請民事保護令（含緊急、暫時及通常民事保護令），不適用本法有關聲請保護令之規定。
被害人依照本法聲請保護令時，應以書狀格式向被害人住居所地、行為人住居所地或跟蹤騷擾行為地或結果地的地方法院提出聲請。如經聲請人或被害人要求保密被害人的住居所者，法院應以秘密方式訊問，將筆錄及相關資料密封，並禁止閱覽（本法第6條參照）。
保護令案件因涉及人民一般社交或私生活領域，為保障當事人的隱私，本法第10條第1項規定不公開審理。法院審理終結後，認有跟蹤騷擾行為的事實且有必要者，應依聲請或依職權核發包括下列一款或數款的保護令（本法第12條參照）：
一、禁止相對人為第三條第一項各款行為之一，並得命相對人遠離特定場所一定距離。
二、禁止相對人查閱被害人戶籍資料。
三、命相對人完成治療性處遇計畫。
四、其他為防止相對人再為跟蹤騷擾行為之必要措施。
保護令有效期間最長為2年，自核發時起生效。有效期間屆滿前，法院得依被害人聲請或依職權將有效期間延長，每次不超過2年（本法第13條參照）。
以臺灣臺南地方法院112年度跟護字第6號保護令裁定主文為例：
一、相對人不得監視、觀察、跟蹤或知悉聲請人行蹤。
二、相對人不得以盯梢、守候、尾隨或其他類似方式接近聲請人之下列場所，並遠離下列場所至少100公尺：
1.住居所地址：（詳卷）。
2.經常出入或活動之場所地址：臺南市○○區○○路○段○○號地下一樓、臺南市○○區○○路○○號10樓、臺南市○○區○○路○○號。
三、相對人不得以電話、傳真、電子通訊、網際網路，對聲請人進行干擾。
四、相對人不得對聲請人要求約會、聯絡或為其他追求行為。
五、相對人不得向聲請人告知或出示有害其名譽之訊息或物品。
六、本保護令之有效期間為1年。
