海巡署成員由軍、警、海關、一般文職等四類人員組成。民國八十九年成立初期，為求整合作業便利，由當時軍方海岸巡防司令部與警政署水上警察局分別轉化為海岸巡防總局、海洋巡防總局。海巡署，依岸、海架構，推動以勤務為導向的「同心」專案，依岸、海兩個總局所屬單位，依轄區特性仍以任務編組方式，將全台與離島共劃分十三個「巡防區」。 海巡特考考取後則是分發至各地區巡防局以上機關任職，負責政策規劃、督考業務，相關的協助調查及海洋維護等工作，得執行外勤工作，與一般的行政工作業務不同。因此海巡特考被歸類於軍警相關之工作性質，以守護國家人民安全為首要任務。