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Windows 2000釋出了四種版本:專業版(Professional)、伺服器版(Server)、進階伺服器版(Advanced Server)、資料中心伺服器版(Datacenter Server)。另外,微軟也販賣64位元處理器 Itanium 專用的Windows 2000 Advanced Server Limited Edition 和 Windows 2000 Datacenter Server Limited Edition,不過功能上有些限制。 雖然每個版本有不同的市場目標,但是所有版本都使用相同的核心功能,像是電腦管理主控台(Microsoft Management Console)和系統管理程式。Windows 2000也有針對殘障人士的使用介面做改進,透過新的輔助科技,Windows 2000比前一個版本Windows NT 4.0更容易讓殘障人士使用,另外支援的語言也增加,並且增加更多的地區設定(locale),讓更多國家和地區的使用者可以更容易使用。 所有的版本都支援 Windows NT 的檔案系統:NTFS 3.0,包含了檔案系統加密、動態邏輯磁碟管理。伺服器版本則有更多的附加功能,像是活動目錄(Active Directory)、分散式檔案系統和 fault-redundant storage volumes。 微軟宣稱Windows 2000是他們發佈過的Windows作業系統中最安全的,不過Windows 2000也成為許多高危險電腦病毒的攻擊目標,像是知名的紅色警戒(Code Red)和Nimda病毒。到今天距離Windows 2000發佈超過9年的時間,微軟還是持續釋出修正安全漏洞的更新檔。
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